En su carrera, Juan Manuel Fernández Cervantes ha ganado 4 premios de periodismo:
Premio: Concurso Regional de Periodismo Investigativo: “El drama humano de la exclusión social en Centroamérica”. Reportaje: “Narco comunidades: Las zonas olvidadas de Centroamérica. Ganadora para la categoría prensa escrita/ digital.
Organización: Estado de la Región Año: 2012.
Premio “Mejor Cobertura periodística en temas de desarrollo sostenible
El reconocimiento lo dio la Cámara de Comercio de EEUU-Costa Rica AmCham por la Edición Verde publicada en febrero 2009.
Organización: American Chamber Costa Rica Año: 2010.
Premio AVINA a la investigación periodística en desarrollo sostenible
Reportaje “Oxígeno: El nuevo producto gourmet”
Organización: Fundación AVINA Año: 2009.
Premio Nacional de Periodismo Ivannia Mora
Por el Informe País Costa Rica 2008: “Vivan siempre el trabajo y la paz”
Organización: Academia de Centroamérica Año: 2008.